"Mon petit Charles, un jour tu seras naturaliste, tu feras un grand voyage autour du monde et tu écriras un livre qui révolutionnera notre conception de l’évolution" est une prédiction que Robert Darwin… n’a jamais délivrée à son fils.

Et pour cause, le séjour que Charles a effectué à Édimbourg en 1825 devait le consacrer tout entier à la médecine. Mais le dégoût que lui inspirèrent les séances d’anatomie et de chirurgie (sans anesthésie, qui n’existait pas à l’époque) à l’université orienta autrement son avenir. Il regrettera plus tard de n’avoir pas appris les techniques de la dissection.

Robert avait lui aussi étudié la médecine à Édimbourg.

Charles loge d’abord au Star Hotel dans Princes Street puis dans le pensionnat de Mrs Mackay, 11 Lothian Street, qui a été détruit depuis et remplacé par une partie du National Museum of Scotland (une plaque a été posée à l’entrée en mémoire de Darwin).

En 1826, Charles se lie d’amitié avec Robert Grant, un professeur de biologie qui le conduit à des conférences de la Wernerian Society, données par John Audubon et d’autres dans les murs de l’université.

Darwin entend alors parler de l’évolution animale et des espèces, mais sans que l’on sache bien ce qui les relie entre elles. Il intègre la Plinian Society, une société créée en 1823 par des étudiants en histoire naturelle (alors que la Wernerian rassemblait des professeurs) qui rassemblait ses troupes chaque mardi. Avec ses collègues pliniens, Charles fait des excursions dans la région, parfois dans le Firth of Forth, trouvant refuge dans le tout récent phare d’Inchkeith, construit par Robert Stevenson, grand-père de Robert Louis.

Charles se lie également avec Robert Edmond Grant, disciple du naturaliste Jean-Baptiste Lamarck qui prônait la théorie de la "transmutation", qui a précédé la théorie de l’évolution de Darwin. Avec Grant, il parcourt les côtes écossaises pour collecter des animaux marins.

En 1827, constatant le peu d’entrain de son fils pour la médecine, Robert Darwin l’autorise à quitter Édimbourg.